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在沼气发酵过程中，不产甲烷细菌和产甲烷细菌之间，相互依赖，互为对方创造与维持生命活动所需要的良好环境条件，但它们之间又互相制约，在发酵过程中总处于平衡状态。它们之间的主要关系表现在下列几方面：
1、不产甲烷细菌为产甲烷细菌提供生长和产甲烷所需要的基质；
2、不产甲烷细菌为产甲烷细菌创造了适宜的氧化还原电位条件；
3、不产甲烷细菌为产甲烷细菌清除了有害物质；
4、产甲烷细菌又为不产甲烷细菌的生化反应解除了反馈抑制；
5、不产甲烷细菌和产甲烷细菌共同维持环境中适宜的pH值。